Pantanal, 1778, região do Médio-Paraguai, um grupo de soldados acompanha Diogo, astrônomo, naturalista e cartógrafo, recém-formado em Coimbra, que chega à região para fazer um levantamento topográfico para a Coroa Portuguesa. A coluna se encaminha para o Forte Coimbra, permanentemente assediada pelos índios cavaleiros, com quem Portugal está tentando um acordo de paz. No caminho do forte, um batedor descobre um grupo de mulheres índias tomando banho num rio. Em meio a alguns desencontros, os soldados estupram as mulheres. Três personagens se destacam: Pedro, que chefia o grupo e é particularmente feroz, Diogo, que terá de confrontar sua formação "ilustrada" com a dura realidade da colônia, e Antônio, que carrega um mapa secreto com a localização de supostas minas de prata. Todos se envolvem na carnificina, até mesmo Diogo, a quem Pedro entrega uma índia que tinha se escondido na mata. Diogo impede Pedro de assassinar a índia e todos seguem para o forte.

Ali, o comandante vive com uma índia de outra tribo - guaná, já catequizada e aculturada - os conflitos crescem. O filme vai trabalhar em torno destas relações, que representam em última instância o conflito entre os dois mundos e na prática o surgimento de um terceiro, onde os conceitos dos dois lados começam a se desintegrar. Assim é o conflito de Diogo entre a lembrança da noiva virgem portuguesa e a atração culpada pela índia; ou as tentativas do comandante em conciliar os dois mundos; ou ainda a ferocidade de Pedro que caminha enlouquecido numa ânsia crescente de violência como se buscasse um limite que o Novo Mundo não lhe dá. Finalmente, a fantasia de Antônio em torno das minas de prata que lhe toma corpo e alma, deixando-o incapaz de lidar com a realidade. O período das chuvas e da cheia vai significar uma trégua na luta com os guaicurus. Quando as águas começam a baixar, a possibilidade de paz ressurge. Os cavaleiros voltam ao forte e afirmam que aceitam o acordo. Propõem como manifestação de sua boa vontade que os portugueses fiquem com suas mulheres índias. Estes aceitam. Momentos depois grupos de índios escondidos na região entram no quartel e dizimam os soldados.